Këshilli Drejtues i Universitetit është organi kryesor qeverisës i Universitetit. Ai ka përgjegjësi të përgjithshme strategjike për funksionimin efektiv institucional të Universitetit dhe është përgjegjës për të gjitha vendimet në lidhje me çështjet financiare (buxheti, personeli, infrastruktura), në mënyrë që të sigurojë kushte të përshtatshme për veprimtarinë e qëndrueshme të Universitetit në përputhje me obligimet e tij.

Këshilli Drejtues, kolektivisht, i raporton Ministrisë, dhe është përgjegjës për shfrytëzimin e duhur e në mënyrë efektive të fondeve që Ministria ose ndonjë burim tjetër publik ia ka ndarë Universitetit.

Këshilli Drejtues përbëhet nga nëntë anëtarë me të drejtë vote. Ministria e Arsimit, Shkencës dhe Teknologjisë emëron katër anëtarë me të drejtë vote dhe ata emërohen sipas dispozitave të Ligjit mbi Arsimin e Lartë, ndërsa Senati zgjedh pesë anëtarë të Këshillit Drejtues me të drejtë vote nga personeli akademik i Universitetit.

Rektori dhe sekretari i përgjithshëm i Universitetit janë anëtarë ex-officio të Këshillit Drejtues pa të drejtë vote.

Sipas Statutit të Universitetit të Prishtinës, detyrat e Këshillit Drejtues janë:

Të sigurojë parakushte për administrim dhe menaxhim të drejtë të burimeve në nivel të Universitetit dhe njësive të tij vartëse;
Të nxjerrë rregullore për delegim të kompetencave për mjetet dhe çështjet e tjera administrative tek njësitë akademike të Universitetit në përputhje me dispozitat e këtij Statuti;
Të nxjerrë rregullore për qeverisjen, drejtimin dhe menaxhimin e Universitetit, siç kërkohet me këtë Statut;
Të vendosë për strukturën e përgjithshme organizative të njësive akademike, sipas propozimit të Senatit dhe pasi të jenë konsultuar njësitë në fjalë;
Të organizojë kontrollin financiar, siç parashihet më tej;
Të nxjerrë rregullore, në pajtim me këtë Statut, në lidhje me: 
- masat dhe procedurën disiplinore për personelin
- pagesat dhe kushtet e shërbimit për personelin,
- procedurat e mënyrave të kompensimit të personelit, në bazë të ankesave në lidhje me punësimin e tyre,
- suspendimin apo shkarkimin nga puna të personelit, 
- ankesat kundër pezullimeve dhe shkarkimeve të tilla.
Të përcaktojë tarifat e shkollimit apo pagesat e tjera në Universitet, sipas propozimit të rektorit dhe pas konsultimeve me Senatin në pajtim me Ligjin e Arsimit të Lartë;
Të përcaktojë rregulla për llogaritjen e shpenzimeve për shërbimet universitare, që u ofrohen palëve të treta;
Të zgjedhë rektorin nga lista e emrave me pesë kandidatë, të propozuar nga Senati;
Të zgjedhë prorektorët sipas propozimit të rektorit;
Të përkujdeset që dispozitat e përgjithshme të këtij Statuti të zbatohen në praktikë brenda Universitetit;
Të veprojë sipas dispozitave të përgjithshme të përcaktuara në këtë Statut;
Të vendosë për formën dhe përmbajtjen e stemës, vulës, vulës së thatë, flamurit dhe simboleve të tjera institucionale, si dhe t'i propozojë Ministrisë formën dhe përmbajtjen e diplomave sipas propozimit të Senatit.


Anëtarët e Këshillit Drejtues të Universitetit të Prishtinës janë:

Mimoza Hasani Pllana

Ujkan Bajra

Arton Demhasaj

Merita Bogaj

Prof. asoc. dr. Florim Isufi – anëtar i KD-së

Prof. i rreg. Alberta Troni – anëtare e KD-së

Prof. dr. Naser Kabashi  - anëtar i KD-së

Prof. dr. Kemajl Bislimi – anëtar i KD-së

Prof. ass. dr. Bedri Bahtiri – anëtar i KD-së