Veprimtaria botuese e Universitetit të Prishtinës administrohet nga Këshilli Botues, i cili vepron në bazë të Rregullores për publikimet e Universitetit të Prishtinës. Ky këshill është i mandatuar nga Senati i Universitetit për të shqyrtuar dhe lejuar botimin e publikimeve universitare, si dhe jep ide, mendime dhe pikëpamje për politikën dhe avancimin e publikimeve universitare dhe veprimtarisë botuese të Universitetit. Përgjegjës për sigurimin e cilësisë dhe mbarëvajtjes së veprimtarisë botuese në UP është Prorektori për personel akademik, integritet dhe botime, i cili është edhe anëtar i Këshillit Botues.

Këshilli Botues përbëhet nga njëmbëdhjetë anëtarë me të drejtë vote, që njëkohësisht janë edhe redaktorë përgjegjës të teksteve nga fushat përkatëse, dhe kryesohet nga kryetari, i cili zgjidhet nga anëtarët.

Përbërja aktuale e Këshillit Botues dhe fushat që përfaqësojnë:  

1. Prof. dr. Faton Berisha, prorektor (kryetar i Këshillit Botues) 
2. Prof. dr. Muhamet Mala, shkencat shoqërore 
3. Prof. ass. dr. Nerimane Kamberi, shkencat filologjike
4. Prof. dr. Visar Morina, shkencat juridike 
5. Prof. dr. Hysni Osmani, shkencat teknike 
6. Prof. dr. Tahire Maloku Gjergji, shkencat mjekësore 
7. Prof. asoc. dr. Dukagjin Zeka, shkencat bujqësore dhe të veterinarisë 
8. Prof. dr. Naser Zabeli, edukimin 
9. Prof. asoc. dr. Florian Miftari, edukimin fizik dhe sportin 
10. Prof. ass. dr. Arta Xhambazi, arkitekturën