Organet kryesore qeverisëse të universitetit janë Këshilli Drejtues dhe Senati. Këshilli Drejtues ka përgjegjësi të përgjithshme strategjike për funksionimin efektiv institucional të universitetit.

Senati është organi më i lartë akademik i universitetit. Atë e kryeson rektori i universitetit, i cili është autoriteti kryesor menaxhues i universitetit. Rektori është udhëheqësi kryesor akademik e administrativ dhe është përgjegjës për punën efektive dhe të rregullt të universitetit dhe për menaxhimin e tij sipas politikës së përcaktuar nga Këshilli Drejtues. Rektorin e ndihmojnë prorektorët dhe sekretari i përgjithshëm i universitetit. Detyrat e prorektorëve caktohen nga rektori, në pajtim me dispozitat e Statutit të UP-së.

Sekretari i përgjithshëm i universitetit është zyrtari më i lartë ekzekutiv dhe administrativ i universitetit. Ai I përgjigjet rektorit për administrim efikas, ekonomik dhe efektiv në të gjitha nivelet e universitetit.