Detyrat dhe përgjegjësitë e Zyrës së Auditimit të Brendshëm janë:

• Organizimi dhe mbikëqyrja e ushtrimit të të gjitha aktiviteteve të auditimit të brendshëm, si dhe dorëzimi i rezultateve të auditimit menaxhmentit të lartë;
• Sigurimi i zbatimit adekuat dhe respektimit të ligjeve, rregullave, politikave, udhëzimeve dhe doracakëve të përcaktuar me Ligjin mbi Auditimin e Brendshëm;
• Përgatitja dhe dorëzimi me kohë i planit strategjik të auditimit në bazë të vlerësimit të rrezikut për rishikim dhe miratim të menaxhmentit të lartë;
• Përgatitja dhe dorëzimi i raporteve tremujore dhe vjetore për të gjitha aktivitetet e auditimit te menaxhmenti i lartë;
• Marrja e informatave të certifikuara nga Thesari, Banka Qendrore e Kosovës dhe cilado organizatë publike apo private në lidhje me xhirollogaritë dhe/ose transaksionet aktuale ose të mbyllura që përfshijnë subjektet, mbi të cilat Zyra për Auditim të Brendshëm ka kompetenca sipas nenit 10.1 të Ligjit mbi Auditmin e Brendshëm;
• Informimi i menaxhmentit të lartë në lidhje me funksionin e auditimit të brendshëm, i bazuar në modelin e siguruar nga Njësia Qendrore Harmonizuese për Auditimin e Brendshëm.