Universiteti i Prishtinës është aktiv në punën kërkimore shkencore dhe zhvillimit të programeve arsimore. Vitet e fundit Universiteti i Prishtinës ka bashkëpunuar me partner të ndryshëm në shumë projekte të BE-së, në disa prej tyre edhe si koordinator si: FP7, IPA, Tempus dhe në projektet e tjera të financuara nga USAID etj.


Universiteti i Prishtinës është gjithashtu shumë aktive në projektet e financuara nga Ministria e Arsimit, Shkencës dhe Teknologjisë në Republikën e Kosovës. Ajo mban të paktën 20 projekte shkencore të financuara nga MASHT-i, gjatë vitit 2011.