Universiteti i Prishtinës përbëhet prej:

1. Njësive akademike dhe
2. Njësive organizative.
 
Njësitë akademike të Universiteti janë:
 
Njësia akademike vepron në kuadër të kornizës institucionale të Universitetit, duke ofruar programe të arsimit të lartë, kërkime shkencore ose krijimtari artistike.
Fakultetet e Universitetit ofrojnë këto lloje të studimeve të rregullta dhe pasuniversitare, në përputhje me dispozitat e Statutit të Universitetit:
1. Studime themelore - bachelor,
2. Studime master dhe
3. Studime të doktoratës.
 
Njësitë organizative të Universiteti janë:
1. Zyra për Marrëdhënie me Jashtë,
2. Biblioteka Universitare dhe
3. Zyra e Teknologjisë së Informacionit.
 
Këto njësi organizative funksionojnë në kuadër të Universitetit, duke ofruar shërbime mbështetëse për punë arsimore, kërkimore dhe artistike, si dhe shërbime administrative për njësitë akademike, të cilat janë të nevojshme për përmbushjen në mënyrë efektive dhe të dobishme të përgjegjësive dhe detyrave të Universitetit, të pëcaktuara me Statutin e Universitetit.